با افرادی که در مورد گزینه های روشن جدید به جهان هشدار می دهند ، ملاقات کنید

[ad_1]

در مارس 2020 ، هنگامی که سازمان جهانی بهداشت همه گیری را اعلام کرد ، پایگاه داده عمومی GISAID حاوی 524 توالی پوست بود. ماه بعد دانشمندان 6000 مورد دیگر را بارگذاری کردند. در پایان ماه مه ، تعداد کل بیش از 35000 نفر بود. (در مقابل ، دانشمندان جهانی 40،000 توالی آنفلوآنزا را به GISAID در طول سال 2019 اضافه کردند)

اندرسون بریتو ، فوق دکترای اپیدمیولوژی ژنومیک در دانشکده بهداشت عمومی ییل که به تلاش های پانگو کمک می کند ، گفت: “او را بدون نام فراموش كنید – ما نمی توانیم حرف دیگران را بفهمیم.”

با افزایش تعداد توالی های پوکی ، محققانی که سعی در مطالعه آنها داشتند مجبور شدند زیرساخت ها و استانداردهای کاملاً جدیدی را در حال حرکت ایجاد کنند. سیستم جهانی نامگذاری یکی از مهمترین عناصر این تلاش است: بدون آن ، دانشمندان سعی می کنند در مورد نحوه حرکت و تغییر فرزندان ویروس با یکدیگر صحبت کنند – یا برای علامت گذاری یک مسئله یا حتی از انتقاد بیشتر ، برای زنگ زدن زنگ هشدار

پانگو از کجا آمده است؟

در آوریل سال 2020 ، تعداد انگشت شماری از ویروس شناسان مشهور در انگلیس و استرالیا سیستمی از حروف و اعداد را برای نامگذاری شجره نامه ها یا شاخه های جدید خانواده کوید پیشنهاد دادند. منطق و سلسله مراتب وجود داشت ، اگرچه اسامی که ایجاد کرده بود – مانند B.1.1.7 – کمی دور از ذهن بودند.

یکی از نویسندگان مقاله عین اوتول ، نامزد دکترای دانشگاه ادینبورگ بود. او به زودی به شخص اصلی تبدیل می شود که در واقع این مرتب سازی و طبقه بندی را انجام داده و در نهایت صدها هزار دنباله را به صورت دستی شانه می زند.

او می گوید: “خیلی زود ، دقیقاً چه کسی برای نظارت بر سکانس ها در دسترس بود. به هر حال ، این کار من برای همیشه بود. حدس می زنم من هرگز مقیاسی را که قرار بود به آن برسیم درک نکردم. “

او به سرعت شروع به ساخت نرم افزار کرد تا ژنوم های جدید را به خطوط مناسب اختصاص دهد. طولی نکشید که محقق دیگری ، Postdoc Emily Cher ، یک الگوریتم یادگیری ماشین برای سرعت بخشیدن به کارها بیشتر ایجاد کرد.

“او را بدون نام فراموش کنید – ما نمی توانیم حرف دیگران را بفهمیم.”

اندرسون بریتو ، دانشکده بهداشت عمومی ییل

آنها این نرم افزار را Pangolin نامیدند ، اشاره ای به بحث در مورد ریشه حیوانات کوید. (اکنون کل سیستم به سادگی با نام Pango شناخته می شود.)

سیستم نامگذاری ، همراه با نرم افزار برای اجرای آن ، به سرعت در سطح جهانی اهمیت یافت. اگرچه سازمان بهداشت جهانی اخیراً شروع به استفاده از حروف یونانی برای گونه هایی کرده است که به نظر می رسد مخصوصاً نگران کننده باشند ، مانند دلتا ، این نام مستعار برای عموم و رسانه ها است. دلتا در واقع به خانواده ای در حال رشد از انواع اشاره دارد که دانشمندان Pango را با نام دقیق تر آنها می خوانند: B.1.617.2 ، AY.1 ، AY.2 و AY.3.

جولی می گوید: “هنگامی که آلفا در انگلستان ظاهر شد ، پانگو برای ما بسیار آسان تر شد که به دنبال این جهش ها در ژنوم خود باشیم تا ببینیم آیا این نژاد را در کشور خود داریم یا نه.” “از آن زمان به بعد ، Pango به عنوان مبنای اصلی گزارش و نظارت بر گزینه ها در هند مورد استفاده قرار گرفت.”

از آنجا که پانگو رویکردی منطقی و منظم در مورد هرج و مرج ایجاد می کند ، می تواند برای همیشه شیوه نامگذاری سویه های ویروسی توسط دانشمندان را تغییر دهد – به متخصصان از سراسر جهان اجازه می دهد با یک فرهنگ لغت مشترک کار کنند. بریتو می گوید: “به احتمال زیاد این قالبی خواهد بود که برای ردیابی هر ویروس جدید دیگری از آن استفاده خواهیم کرد.”

بسیاری از اصلی ترین ابزارها برای ردیابی ژنوم های پوکی توسط دانشمندان اولیه شغلی مانند O’Toole و Scher طی یک و نیم سال گذشته تولید و نگهداری شده اند. با شروع نیاز به همکاری جهانی ، دانشمندان برای حمایت از آن با زیرساخت های موقت مانند پانگو شتافتند. بیشتر این کارها در دهه 1920 و 1930 به دست محققان جوان با گرایش فنی رسید. آنها از شبکه های غیررسمی و ابزارهای منبع باز استفاده کردند – به این معنی که استفاده از آنها آزاد بود و هرکسی می تواند داوطلبانه به آن اضافه کند و تغییرات و اصلاحاتی را به آن اضافه کند.

آنجی هینریچس ، افسر بیوانفورماتیک دانشگاه UC سانتا کروز که اوایل سال جاری به پروژه Pangolin پیوست ، گفت: “افرادی که در خط مقدم فناوری جدید هستند ، معمولاً دانشجویان و دانشجویان دکترا هستند.” به عنوان مثال ، اوتول و شر در آزمایشگاه اندرو رمبوت ، اپیدمیولوژیست ژنومیک کار می کنند که اولین توالی های پوکی عمومی را پس از دریافت از دانشمندان چینی به صورت آنلاین منتشر کرد. هینریکس می گوید: “آنها فقط خود را در موقعیت ایده آل برای تهیه این ابزارها دیدند که کاملاً حیاتی شد.”

سریع بساز

آسان نبود. در بیشتر سال 2020 ، اوتول بیشترین مسئولیت شناسایی و نامگذاری جنسهای جدید را به عهده خود گرفت. دانشگاه تعطیل بود ، اما وی و یکی دیگر از دانشجویان دکترای رمبوت ، وریتی هیل ، اجازه ورود به دفتر را داشتند. سفر او به محل کار ، 40 دقیقه پیاده روی تا مدرسه از آپارتمانی که در آن تنها زندگی می کرد ، به او حس عادی بودن را القا کرد.

هر چند هفته ، اوتول کل مخزن covid را از پایگاه داده GISAID بارگیری می کرد که هر بار رشد چشمگیری داشت. سپس او به دنبال گروه هایی از ژنوم ها با جهش هایی شبیه به هم یا چیزهایی عجیب و غریب و دارای برچسب غلط است.

وقتی او به ویژه گیر افتاد ، هیل ، رامبا و دیگر اعضای آزمایشگاه برای بحث در مورد علائم بالا می رفتند. اما غرغر روی او افتاد.

“تصور کنید از 2000 سکانس از 100 مکان مختلف در سراسر جهان عبور می کنید. من سکانس هایی را از مکان هایی دیده ام که حتی نام آنها را نشنیده بودم.”

عین اوتول ، دانشگاه ادینبورگ

تصمیم گیری در مورد اینکه فرزندان ویروس لیاقت نام خانوادگی جدید را دارند می تواند به همان اندازه که یک علم است یک هنر باشد. این یک فرآیند پر زحمت بود ، و تعداد زیادی از ژنوم های شنیده نشده را غربال می کرد و مرتباً می پرسید: آیا این نسخه جدیدی از کووید است یا نه؟

او می گوید: “این بسیار آزار دهنده بود.” “اما این همیشه واقعاً تحقیرآمیز بود. تصور کنید که از 2000 سکانس از 100 مکان مختلف در سراسر جهان عبور می کنید. سکانس هایی از مکان ها را دیدم که حتی نامشان را نشنیده بودم. “

با گذشت زمان ، اوتول تلاش کرد تا با جداسازی و نامگذاری جدید ژنوم ها همگام شود.

در ژوئن 2020 ، پایگاه داده GISAID بیش از 57000 دنباله را ذخیره کرد و O’Toole آنها را به 39 نوع مرتب کرد. در نوامبر سال 2020 ، یک ماه پس از آنکه مجبور شد مقاله خود را ارائه دهد ، اوتول آخرین نظارت خود را بر داده ها انجام داد. 10 روز طول کشید تا تمام 200000 سکانس را مرور کند. (اگرچه کووید تحقیقات خود را در مورد ویروس های دیگر تحت الشعاع قرار داد ، اما او در مقاله خود فصلی درباره پانگو قرار داد.)

خوشبختانه ، نرم افزار Pango برای کار با یکدیگر ایجاد شده و سایر موارد نیز تقویت شده اند. یک جامعه آنلاین – جامعه ای که جولی وقتی دید گزینه در سراسر هند پخش می شود – به آن روی آورد و رشد کرده است. کار اوتول امسال بسیار سخت تر بود. خطوط جدید در حال مشخص شدن است که متخصصین اپیدمیولوژی در سراسر جهان از طریق توییتر ، ایمیل یا GitHub با O’Toole و بقیه اعضای تیم ارتباط برقرار می کنند – روش مورد نظر او.

اوتول گفت: “اکنون این واکنش ارتجاعی تر است.” “اگر گروهی از محققان در سراسر جهان بر روی برخی داده ها کار کنند و معتقد باشند که آنها تیره جدیدی را شناسایی کرده اند ، می توانند درخواست کنند.”

غرق شدن داده ها ادامه یافت. بهار گذشته ، تیم “پانگوتون” را انجام داد ، نوعی هکاتون که در آن 800000 دنباله را در حدود 1200 جنس طبقه بندی کرد.

اتول می گوید: “ما به خودمان سه روز محکم دادیم.” “دو هفته طول کشید.”

از آن زمان ، تیم پانگو چندین داوطلب دیگر را استخدام کرده است ، مانند محقق UCSC Hindriks و محقق یل بریتو ، که هر دو در ابتدا با اضافه کردن دو سنت خود به توییتر و صفحه GitHub به این گروه پیوستند. کریس روئیز ، فوق دکترا در دانشگاه کمبریج ، توجه خود را به کمک به اوتول برای رفع شکاف با درخواست های GitHub معطوف کرد.

اوتول اخیراً از آنها خواسته است که به عنوان بخشی از کمیته تازه تاسیس Pango Network Marking Line ، که در مورد نام گزینه ها بحث و تصمیم گیری می کند ، به طور رسمی به سازمان بپیوندند. کمیسیون دیگری که شامل رئیس آزمایشگاه رامبوت است ، در سطح بالاتری تصمیم گیری می کند.

اوتول گفت: “ما یک وب سایت و یک ایمیل داریم که فقط ایمیل من نیست.” “این بسیار رسمی شده است و من فکر می کنم که واقعاً به مقیاس بندی آن کمک می کند.”

آینده

با رشد داده ها ، چندین ترک در لبه ها ظاهر می شوند. تا به امروز ، نزدیک به 2.5 میلیون دنباله پوستی در GISAID وجود دارد که تیم پانگو آنها را به 1300 شعبه تقسیم کرده است. هر شاخه مربوط به یک نوع است. طبق WHO هشت نفر از آنها کسانی هستند که باید تماشا کنند.

با پردازش بسیار زیاد ، نرم افزار قفل می شود. همه چیز برچسب گذاری نمی شود بسیاری از سویه ها به نظر می رسند ، زیرا ویروس بارها و بارها مفید ترین جهش ها را تکامل می بخشد.

به عنوان یک اقدام محدود ، این تیم نرم افزار جدیدی ایجاد کرده است که از روش مرتب سازی متفاوتی استفاده می کند و می تواند چیزهایی را که ممکن است پانگو از دست بدهد ضبط کند.

[ad_2]

منبع: unbox-khabar.ir

ایندکسر

hacklink al hd film izle php shell indir siber güvenlik türkçe anime izle Fethiye Escort android rat duşakabin fiyatları fud crypter hack forum buy instagram followershtml nullednulled themes1xbet girişMobil Ödeme NakitMobil Ödeme BozdurmaMobil Ödeme Nakite ÇevirmeMobil Ödeme Nakite Çevirme1xbet